Il progetto Monitoraggio della Biodiversità Alto Adige offre risorse economiche riservate a domande di ricerca specifiche. I progetti speciali possono essere focalizzati su studi approfonditi nel contesto del programma standard di monitoraggio. Questi potranno essere dedicati a specifici gruppi di organismi o specie così come a particolari ambienti. È possibile, inoltre, includere progetti completamente indipendenti dal programma standard che si svolgano su tematiche ecologiche nel territorio della Provincia autonoma di Bolzano. Gli obiettivi principali dei progetti speciali saranno quindi: esplorare la biodiversità, migliorare le conoscenze sui fattori che la influenzano e, infine, aumentare le informazioni e la consapevolezza sul mondo naturale.