Zusätzlich zum jährlich durchgeführten Standardprogramm sind im Projekt Geldmittel für die Untersuchung spezieller Fragestellungen vorgesehen. Spezialprojekte können vertiefende Studien innerhalb des Standardprogramms sein, z.B. die Erhebung einer zusätzlichen Organismengruppe. Andererseits kann es sich dabei auch um Projekte handeln, die völlig unabhängig vom Standardprogramm sind. Dabei können spezifische Forschungsfragen behandelt werden, etwa die Auswirkungen einer landwirtschaftlichen Praxis auf die Biodiversität in einem bestimmten Agrar-Lebensraum. Wichtig ist jedoch, dass sich das Hauptziel, nämlich die Untersuchung der Südtiroler Biodiversität und der auf sie wirkenden Einflussfaktoren, im Projekt widerspiegelt.